L’Institut Polytechnique a vu le jour en 1965 et sa création fut officialisée par l’ordonnance n°34 du 24 juin 1969 et son organisation fixée par décret n°116 du 7 juillet 1969. Il a été créé avec la fusion des infrastructures du Collège Technique Agricole (CTA), de l’École Normale de Katibougou et de l’École des Assistants d’Élevage de Bamako.
Cette naissance de l’IPR traduit la volonté politique des pouvoirs publics maliens, aux premières ères de l’indépendance politique, de doter le pays de structures de formation aptes à favoriser, à moindre frais, l’accès du monde rural au développement qui demeure un enjeu vital pour l’économie encore jeune et en pleine mutation de notre pays.
En 1995, dans le cadre d’une approche intégrée du développement du Sahel, un séminaire sous régional placé sous l’égide de l’UNESCO et tenu à Bamako recommanda la restructuration de l’IPR en un Institut de Formation et de Recherche Appliquée (IPR/IFRA).
A partir d’août 2010, l’établissement a été érigé en Etablissement Public à Caractère Scientifique et Technologique (EPST) avec autonomie de gestion.